Su control se realiza por técnicas de cromatografía de gases e infrarrojos. El cromatógrafo de gases, con detector de captura de electrones, nitrógeno-fósforo y llama, se utiliza para la determinación de trihalometanos y pesticidas.

Para la determinación de fenoles e hidrocarburos aromáticos policíclicos y la investigación de sustancias desconocidas presentes en el agua se utiliza un cromatógrafo de gases con detector de masas. La determinación de hidrocarburos disueltos o emulsionados se realiza mediante un espectrofotómetro de infrarrojos.